Третий этап (1941-1945г.г.) охватывает годы Великой Отечественной войны. Своевременное создание МПВО обеспечило в годы войны успешное решение задач защиты населения и объектов народного хозяйства от нападения с воздуха.
МПВО сыграла неоценимую роль в ходе Великой Отечественной войны, значительно сократив потери мирного населения и предотвратив разрушения объектов народного хозяйства. Защищая население от налётов вражеской авиации и артиллерийских обстрелов, личный состав медико-санитарных, аварийно-восстановительных и противопожарных служб трудился, постоянно рискуя своей жизнью. Велась борьба с зажигательными бомбами, оказывалась помощь раненым и пострадавшим под обломками зданий.
Всего за годы Великой Отечественной войны формированиями МПВО было обезврежено более 400 тыс. авиабомб и 3,5 млн. артиллерийских боеприпасов.